天后廟歷史悠久，廟內的鯨魚骨已有四百多年歷史，此外，廟內古鐘比重建的廟還要早六年鑄造，所以早在一七九八年重建前已有天后廟，至於祖廟的歷史暫時未能追溯。

相傳天后出生於宋朝 ( 960 – 1279 AD ) 福州一戶姓林的漁家，天后從小聰明靈利，懂得看天象預測天氣還精通醫術，救人無數。死後被供奉為天后娘娘或馬祖海神，南海一帶信眾甚多。 天后娘娘對於坪洲老一輩的居民來說是功不可末，坪洲在天后娘娘的守護之下，曾多次平安過渡難關。

最傳奇的可說是張保仔的故事。相傳海盜張保仔於十七世紀初，活動於香港海域，有一天海盜正將要上岸光顧 (搶劫)坪洲之際，突然一陣狂風，將賊船桅頂上的紅旗吹折，跌了下來，張保仔大驚失色，立即命眾賊停止行動，然後率眾到天后宮去拜天后，並在神前求簽所得簽語為「保家衛國」，因此他就宣佈保護坪洲。

後來於1809，張保仔與清軍於赤立角海域開戰，次年，張保仔接受朝廷招降並被封為福建官吏，坪洲鄉民因此在廟內兩柱掛上一對廟聯，云：「下海靜波澂、浩蕩神恩敷赤子」；「民豐物阜巍峨母德濟蒼生。」傳說，坪洲天后宮的簽最靈。

另一個傳說是描述坪洲曾經發生一次瘟疫，村民用盡方法，瘟疫也無法停止，而病人亦無法醫治，島上死了很多人，居民朿手無策，衹好請天后娘娘出巡消災解難，神奇的是天后出巡後數天，瘟疫漸漸消除，病人也不藥而愈。天后娘娘出巡那天是農歷七月二十一日，從當年開始，鄉民無論老幼都在當日請天后與民同樂出巡，庇祐島上居民。這個節日的氣氛非常濃烈，是香港僅見。